Phần mềm máy chủ Vanilla do Mojang cung cấp được duy trì cùng với phần mềm máy khách. Trong khi các máy chủ phải cập nhật để hỗ trợ các tính năng được cung cấp bởi các bản cập nhật mới, nhiều loại phần mềm máy chủ đã được sửa đổi khác nhau vẫn tồn tại. Các sửa đổi thường bao gồm tối ưu hóa, cho phép nhiều người chơi hơn sử dụng đồng thời một máy chủ hoặc để các phần lớn hơn của thế giới được tải cùng một lúc. Phần mềm đã sửa đổi hầu như luôn hoạt động như một cơ sở cho các trình cắm thêm, có thể được thêm vào và xóa bỏ để tùy chỉnh chức năng máy chủ. Chúng thường được viết bằng Java cho Java Edition, mặc dù JavaScript và PHP được sử dụng trong một số phần mềm Bedrock Edition.[cần dẫn nguồn] Vì phần mềm vani dành cho Bedrock chỉ tương thích với Ubuntu và Windows, các sửa đổi có thể cho phép tăng khả năng tương thích. Phần mềm plug-in đáng chú ý bao gồm CraftBukkit, Spigot, Paper và Sponge[17] cho Java và Pocketmine-MP, Nukkit,[18] Altay và Jukebox[19] cho Bedrock.

Vanilla và các máy chủ đã sửa đổi đều giao tiếp với máy khách bằng một giao thức nhất quán nhưng có thể có các cơ chế nội bộ rất khác nhau. Một số phần mềm máy chủ nhất định có thể cho phép các máy chủ được liên kết, cho phép người chơi tự động vượt qua các thế giới mà không cần "đăng xuất"; chúng bao gồm BungeeCord và Waterfall trong Java và WaterDog và Nemisys cho Bedrock. Tương tự như vậy, do tính năng tương đương gần nhau giữa các phiên bản cập nhật của trò chơi, máy chủ Java có thể sử dụng máy chủ proxy như DragonProxy hoặc Geyser để giao tiếp với cả hai giao thức, cho phép người chơi Bedrock tham gia.[20]